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姚瑞莲

副研究员

  • 电话:+86-021-34208573
  • 邮箱:yaoruilian@sjtu.edu.cn
  • 地址:东川路800号系统生物医学研究院C405

学术经历

  • 2006年于华东理工大学理学院应用物理系获学士学位,2013年于日本国立九州工业大学信息科学和系统工程学院生命科学和生物信息学系获信息工学博士学位。2013年10月起在mg真人(微生物代谢国家重点实验)生物工程系工作。2020年12月至今,受聘为副研究员。

研究方向

13C代谢流量分析

代谢流量组学,反映基因-蛋白-代谢物之间的相互作用对代谢网络的综合效应。13C代谢流量分析在推动代谢工程和合成生物学从穷举试错法到理性设计转变,发挥至关重要的作用。此外,由于这项技术能够用于确定细胞能量来源、疾病代谢状态异质性和药物引起的代谢变化,也已成功应用于生物医药与大健康领域。

工业微生物代谢流计算分析方法和软件平台的开发

基于代谢组学及动态同位素示踪技术,稳态和非稳态13C代谢流分析,建立工业菌株动态代谢网络的代谢流集成平台。

重大疾病的发生、发展和转归的机制的研究

通过13C代谢流量分析揭示代谢活动的基本规律,为各类代谢性疾病和肿瘤发生提供进行干预的理论依据。

代表论著

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    • 姚瑞莲; 13C代谢流量分析发展30年, 生物工程学报, 2021, 37(5): 1510-1525.
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    Ruilian Yao, Jiawei Li, Lei Feng, Xuehong Zhang, Hongbo Hu. 13C metabolic flux analysis-guided metabolic engineering of Escherichia coli for improved acetol production from glycerol. Biotechnology for Biofuels, 2019, 12:29

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    Ruilian Yao#, Di Liu#, Xiao Jia, Yuan Zheng, Wei Liu, Yi Xiao. CRISPR-Cas9/Cas12a biotechnology and application in bacteria. Synthetic and Systems Biotechnology, 2018, 3(3): 135-149.

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    Ruilian Yao, Keli Pan, Huasong Peng, Lei Feng, Hongbo Hu, Xuehong Zhang. Engineering and systems-level analysis of Pseudomonas chlororaphis for production of phenazine-1-carboxamide using glycerol as the cost-effective carbon source. Biotechnology for Biofuels, 2018, 11:130.

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    Ruilian Yao, Dewang Xiong, Hongbo Hu, Masataka Wakayama, Wenjuan Yu, Xuehong Zhang, Kazuyuki Shimizu. Elucidation of the co-metabolism of glycerol and glucose in Escherichia coli by genetic engineering, transcription, profiling, and 13C metabolic flux analysis. Biotechnology for Biofuels, 2016, 9:175.

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    Ruilian Yao, Qing Liu, Hongbo Hu, Thomas K. Wood, Xuehong Zhang. Metabolic engineering of Escherichia coli to enhance acetol production from glycerol. Applied Microbiology and Biotechnology, 2015, 99(19):7945-7952.

  • 1. mg真人“交大之星”计划医工交叉研究基金,氧化磷酸化抑制剂联合DYRK1A抑制剂治疗肝癌的作用及分子机制研究,2021/1-2023/12,合作主持(工方)
  • 2. 国家重点研发计划,新型工业微生物全基因组代谢网络模型的优化设计和构建研究,2020/1-2024/12,子课题主持
  • 3. 国家重点实验室开放基金,基于非稳态 13C代谢通量分析的海洋拟诺卡式菌的 1,6-二羟基吩嗪的合成,2018/1-2019/12,主持
  • 4. mg真人新进教师启动计划,基于非稳态13C代谢通量分析的吩嗪-1-甲酰胺高产菌的构建,2018/1-2020/12,主持
  • 5. 国家自然科学基金青年基金,基于双底物平行标记实验的13C代谢通量分析的新方法,2015/1-2017/12,主持
  • 6. 横向,上海慧谱信息科技中心,C13代谢流的检测分析(第二批),2020/8-2024/8,主持
  • 7. 横向,上海贺普药业股份有限公司,胆汁酸浓度检测及C13代谢流的检测(第三批),2020/9-2024/9,主持

承担项目

学生培养

  • 在读学生
  • 毕业学生